Ein Bausparkonto wird während der Vertragslaufzeit mit diversen Gebühren belastet, die der Kostendeckung des Verwaltungsaufwandes dienen. Typische Gebühren sind: die Abschlussgebühr, die Kontogebühr, die Darlehensgebühr, die Wohnungsbauprämiengebühr, Gebühren für die Beleihungswertermittlung und Gebühren für Vertragsänderungen und für die Vertragskündigung. Je nach Bausparkasse wird auf einige dieser Gebühren verzichtet oder sie werden zum Vertragsende wieder erstattet.